En 1995 se creó el Programa Interdisciplinario de Estudios Agrarios (PIEA), con base en el Instituto de Historia Económica y Social de la FCE UBA, como continuidad de la labor iniciada en el Seminario Permanente de Historia Agraria Colonial. Su propósito principal fue impulsar el estudio del sector agropecuario y del sistema agroindustrial argentino desde una perspectiva interdisciplinaria, científica y orientada a la preservación de los recursos naturales y el ambiente.

Las actividades del PIEA –y posteriormente del CIEA, fundado en 2001– abarcaron investigación, docencia y extensión, incorporando tanto el análisis histórico como económico, social y productivo, en diálogo con diversos actores vinculados al mundo agrario.

Desde 1999, el CIEA organiza bianualmente las Jornadas Interdisciplinarias de Estudios Agrarios y Agroindustriales, que se consolidaron como un espacio académico de encuentro y debate entre investigadores de distintas disciplinas, con destacada participación de especialistas de la región y del MERCOSUR.

En el plano editorial, en 1996 comenzaron a publicarse los Cuadernos del PIEA, que en 2001 se transformaron en la Revista Interdisciplinaria de Estudios Agrarios, que actualmente se publican con periodicidad semestral. Además, el CIEA edita la serie Documentos de Trabajo, destinada a difundir la producción académica de sus investigadores.